L’Istituto Mabillon si colloca in una ricca tradizione di studi dedicati ad approfondire il nesso tra storia e teologia: studi condotti nell’Ordine benedettino, che vide la costruzione di un monumento di erudizione storica per merito dei Maurini, in particolare Mabillon, d’Achéry e Montfaucon, e nella Facoltà di Teologia del Pontificio Ateneo S. Anselmo, dove si è affermata una lunga consuetudine di ricerche dedicate alla metodologia teologica. Si segnalano, per il loro prestigio, le pubblicazioni di J. Leclercq, M. Löhrer, C. Vagaggini e B. Studer.
L’Istituto è intitolato a Jean Mabillon (1632-1707), benedettino francese della Congregazione di S. Mauro, fondatore della paleografia latina e della diplomatica, uno dei pionieri della moderna metodologia storica. La nuova specializzazione dell’Ateneo gestito dalla Confederazione Benedettina offre un programma specifico in Storia della teologia per l’acquisizione dei gradi accademici di licenza e dottorato. Il programma del corso di studi considera i seguenti ambiti disciplinari: storiografia, comprendente lo sviluppo della metodologia storiografica;